Celé území mikroregionu náleží do hlavního povodí řeky Moravy, dílčího povodí Dyje. Říčky jihozápadní části mikroregionu (Křepička, Skalička) jsou přítoky Jevišovky. Východní část odvodňují dva přítoky Jihlavy (Miroslávka s přítokem Suchý potok a Olbramovický potok). Na území mikroregionu se nachází více umělých vodních nádrží, které jsou většinou rybochovné. K největším patří dva Branišovické rybníky a Horní Vlasatický rybník, Troskotovický rybník, Miroslavský rybník, Suchohrdelský rybník a ještě několik menších, rybochovně a rekreačně méně významných.